В «Макросс Зеро» рассказывается история пилота истребителя, который участвует в войне за объединение всего человечества, разгоревшуюся после падения инопланетного космического корабля на Землю. Син Кудо — один из пилотов недавно сформированного отряда «Череп», состоящего из новейших машин VF-0. Его истребитель терпит крушение на тропическом острове, где люди живут в тесном содружестве с природой. А тем временем в этих краях разворачивается битва, исход которой должен решить судьбу всей войны.