Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою ] Мари Илластриэс Макинами и пилот ], а позже ] Аска Лэнгли Сикинами . В то же время Гэндо Икари и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей с Синдзи и загадочный мальчик Каору Нагиса.