Чёрный Джек — «хирург от Бога», таинственный молодой японский врач, который путешествует по миру, проявляя чудеса хирургического гения. Хотя все признают его мастерство, Чёрного Джека многие ненавидят, особенно в медицинских кругах, поскольку он отказывается следовать каким-либо правилам и требует возмутительные гонорары за свои услуги. Доктора Чёрного Джека везде сопровождает его помощница Пиноко, маленькая девочка, настаивающая, что она — его жена.