История продолжается с момента, где закончился первый сезон. Просуществовав 260 лет, эпоха Эдо завершилась, и началась эпоха Мэйдзи. Численное превосходство и мощь огнестрельного оружия всё дальше оттесняют оставшихся в живых войнов Синсэнгуми, которые теперь направляются на помощь и защиту клана Айдзу. К тому же, проблема с Расэцу до сих пор ещё не решена.