Фильм повествует о событиях, случившихся с лейтенантом Джеймсом Вегой в 2185 году, после разрушения первой «Нормандии» и исчезновения капитана Шепарда. В системах Терминус бесследно исчезают человеческие колонии. После неудачи «Властелина» появились новые враги. Когда угроза надвигается на колонию, которую охраняет Вега, лейтенанту придется спасать свой дом, не ожидая никаких подкреплений, полагаясь только на себя и на свою команду, как всегда делал его герой — капитан Шепард. Джеймс узнает, чего стоит каждое решение, и понимает, что иногда нет правильного выбора, есть лишь ошибки, с которыми придется жить.