По завершении школьного Кошиэна по Vanguard Кодзи Ибуки начинают сниться странные кошмары. Номэ Татсунаги просит Суйко призвать его в особняк, где выясняется, что юноша способен видеть Тёмную башню под названием «Санктуарий». Эта башня искажает временную линию на протяжении всей истории, и единственный способ всё исправить — сначала Кодзи должен исправить собственную ошибку, которую совершит в будущем. Теперь Кодзи и Суйко предстоит путешествовать по параллельному миру «-if-» и наблюдать, как волшебницы Эми Сэндо и Сюка призывают юнитов Vanguard, чтобы помочь скорректировать ход истории. К сожалению, от самих героев толку немного — карточные поединки против настоящих монстров не особо эффективны.