Прибыв на Землю спустя 20 000 лет, Харуо вместе с остатками человечества обнаруживают, что планета стала совершенно другой. Флора и фауна здесь олицетворяют Годзиллу , а сама Земля спустя тысячелетия превратилась в планету-монстра, управляемую гигантской Годзиллой высотой 300 метров. Человечество оказывается на грани исчезновения и вынуждено бороться за своё выживание. Жаждущий победить Годзиллу и вернуть планету человечеству, Харуо встречает на Земле потомков коренных народов, племя Хутуа. Сёстры-близнецы Хутуа, Маина и Миана , ведут его к останкам Меха-], древнего оружия против Годзиллы, которое всё ещё живо и приняло форму самогенерирующегося нанометалла. Теперь Харуо предстоит обнаружить целый Город Меха-], порождённый нанометаллом за многие годы, способный уничтожить монстра и помочь отстоять право человечества на жизнь на Земле.